Dejiny farnosti Bojnice boli vo svojich počiatkoch úzko späté s vývojom samotnej sídelnej jednotky Bojnice, ktorá už od obdobia praveku bola významná tým, že sa tu sústreďovalo osídlenie a v priebehu stáročí sa z Bojníc vyvinula strážna osada, ktorá v období 8. – 9. storočia dostala podobu hradného špánstva – centra vojenskej obrany občín, administratívneho, výrobného, obchodného i náboženského života obyvateľstva. V 11. storočí sa oblasť hornej Nitry, v ktorej sa Bojnice nachádzajú, postupne stala súčasťou Uhorského kráľovstva, a práve Bojnice v tomto procese začleňovania sa do tohto štátneho útvaru zohrali významnú úlohu ako centrum tamojších kráľovských majetkov. Koncom 11. storočia bol v Bojniciach postavený nový kráľovský hrad, prípadne bolo upravené staršie slovanské hradisko.
Na takýchto kráľovských hradoch, akým boli aj Bojnice, sa vytvárali centrá tzv. hradských fár, čo vlastne znamenalo ustálenie cirkevnej správy na kráľovských hradoch. V Bojniciach existovala hradská fara a hradský kostol, ktorý bol strediskom náboženského života vo svojom hradskom obvode. Horná Nitra bola organizačne začlenená do Nitrianskeho archidiakonátu, ktorý bol súčasťou Ostrihomského arcibiskupstva. V 2. polovici 12. storočia už však Nitriansky archidiakonát bol pravdepodobne rozšírený o Bojnický a Turčiansky vicearchidiakonát.
V 1. polovici 13. storočia existoval v Bojniciach už samostatný vicearchidiakonátny kostol, ktorý sa stal zo stavebného hľadiska základom pre vytvorenie pôdorysu osi dnešného námestia. Najnovšie archeologické nálezy z roku 2003 však dokazujú, že tento kostol stál už v polovici 12. storočia. V priestore tohto starého kostola bol dostavaný v rokoch 1370 – 1380 nový, zasvätený sv. Martinovi. Až do konca 14. storočia patrili k bojnickej fare aj okolité dediny Dubnica, Kanianka, Lazany, Poruba, Malinová, Chvojnica, Nitrianske Pravno, Nedožery, Brezany, Tužina a Kľačno. Hoci sa niektoré z týchto lokalít v stredoveku stali samostatnými farnosťami, bojnický farár si stále na nich uplatňoval právo na odvedenie jednej šestnástiny cirkevného desiatku. Ak tieto farnosti nechceli túto časť desiatku odvádzať, museli zaň zaplatiť finančnú náhradu, čo viedlo k mnohým sporom ešte aj v 15. storočí. V roku 1479 bolo založené oltárnictvo sv. Antona pustovníka pri bojnickej fare, pričom Albert a Imrich, synovia Jána Nofriho, mu darovali obec Lazany. Týmto nadobudnutím pozemkového vlastníctva bojnická fara získala postavenie zemepána, ktoré jej bolo potvrdené aj v roku 1484 kráľom Matejom.
Do cirkevných dejín neraz vstupovali aj osobnosti hospodárskeho a politického života, a bolo to tak aj v období reformácie v 16. storočí. Bojnické panstvo dostali do vlastníctva Turzovci, ktorí boli silnými prívržencami evanjelického náboženstva, a tak v zmysle zásady „čie panstvo, toho náboženstvo“ posilnili postavenie evanjelikov aj v oblasti hornej Nitry, ktoré sa udržalo až do smrti Stanislava Turzu II. a následného príchodu nových bojnických zemepánov Pálfiovcov v 17. storočí, ktorí sa pričinili o opätovnú prevahu katolíckeho náboženstva na Bojnickom panstve. Z organizačného hľadiska evanjelickej cirkvi Bojnice boli súčasťou Bojnického seniorátu, ktorý zahŕňal 15 cirkví a 24 filiálok. Pôsobilo tu spolu 10 seniorov, konkrétne v Bojniciach účinkovalo 12 farárov a prepoštov, 7 kaplánov a 9 rektorov. Izák Abrahamides – Hrochotský, farár a prepošt, bol zvolený aj za superintendenta, pretože Bojnice sa po roku 1610 stali sídlom superintendencie. Pozostalá vdova po Stanislavovi Turzovi II. Rozina Listius aj s deťmi už reformáciu zavrhla a prestúpila do katolíckej cirkvi. Stalo sa tak po smrti superintendenta Bazila Fábryho v roku 1630 a sídlo superintendencie bolo z Bojníc preložené do Čachtíc. V Bojniciach pôsobili okrem Izáka Abrahamidesa a Bazila Fábryho medzi rokmi 1610 – 1630 ešte dvaja superintendenti Mikuláš Fidicius a Ondrej Diosy.
Pavol Pálfi vyhnal z Bojníc posledného evanjelického farára Jána Vranku a na jeho miesto dosadil Tomáša Belania, kanonika Bratislavskej kapituly. V roku 1662 nastúpil v Bojniciach za farára Ján Alexej Turkovič, a v čase jeho pôsobenia je známe, že na území bojnickej farnosti už neboli žiadni obyvatelia vyznávajúci evanjelické náboženstvo. Pálfiovci sa významne podieľali aj na stavebných aktivitách sakrálnych objektov. Pavol Pálfi nechal postaviť na kostole štvorhrannú vežu s malou ochodzou vo výške posledného poschodia, zakončenou cibuľovitou strechou. Z tohto obdobia pochádza aj veľký drevený chór s drevenými vyrezávanými sochami pod ním. Na bojnickom hrade bola postavená hradná kaplnka zasvätená sv. Jánovi Kapistránskemu.
Mnoho cenných informácií o stave Bojnickej farnosti sa môžeme dozvedieť z tzv. kanonických vizitácií, schematizmov Banskobystrickej diecézy, do ktorej bola Bojnická farnosť včlenená v roku 1776, cirkevných matrík, ktoré sú zachované od roku 1668, a Historie domus, do ktorej správcovia farnosti zapisovali všetky dôležité momenty zo života farnosti a zlomové historické udalosti. Vieme napríklad, že v 1. polovici 18. storočia bol bojnický kostol v dobrom stave, vybielený, pekne vymurovaný, v interiéri s klenbami. Ako už bolo spomenuté vyššie, o jeho reštaurovanie sa pričinili najmä zemepáni Bojnického panstva Pálfiovci v 2. polovici 17. storočia, ktorí tak konali v spolupráci s vtedajším bojnickým prepoštom Jánom Alexejom Turkovičom. Z iniciatívy prepošta Jána Imricha Chilku bol kostol na začiatku 18. storočia posvätený. Mal vtedy 4 oltáre, na chóre sa nachádzal 10-registrový starý organ, na ktorom sa však kvôli jeho nezodpovedajúcemu technickému stavu nedalo hrávať, a tak ho dočasne nahradil 4-registrový pozitív, ktorý bol na chór farského kostola prinesený z Kaplnky sv. Michala. Vizitácia nám podáva ešte mnoho informácií o ostatnom zariadení kostola, o jeho exteriéri a najbližšom okolí, o príjmoch farnosti, samotného farára a dvoch kaplánov, o zámockej kaplnke, o úrode z pozemkov a lúk, ktoré obhospodarovala bojnická fara. Okrem farára a kaplánov farnosť mala ešte vlastného rektora kaplnky sv. Antona, ďalej rektora školy, ktorý bol zároveň i organistom, a volal sa Štefan Jabloncaj.
Prepošt Ján Imrich Chilko vykonal pre Bojnickú farnosť ešte ďalší významný skutok, a to ten, že v čase okolo roku 1727 (kedy Bojnické panstvo získali do dedičnej držby Mikuláš a Ján Pálfiovci, reprezentanti tzv. pezinskej vetvy rodu), dal všetky dokumenty, ktoré sa akýmkoľvek spôsobom svojím obsahom týkali farnosti Bojnice a bojnického oltárnictva a nachádzali sa v archíve Bratislavskej kapituly, hodnoverne prepísať a uložiť do farského archívu. V súvislosti s tradíciou, ktorá sa udržala dodnes, treba ešte spomenúť, že hody sa tu konávali nasledujúcu nedeľu po spomienke na sv. Marina (11. november).
Čo sa týka územného rozsahu Bojnickej farnosti, môžeme podotknúť toto: k farnosti (mater) prislúchali i viaceré filiálky, ktoré sa rozdeľovali podľa toho, či mali alebo nemali vlastný kostol. Medzi filiálky, ktoré boli bez vlastného kostola, sa zaraďovali Opatovce n/Nitrou, Kocurany, Horné a Dolné Šútovce, Dubnica a Kanianka. K filiálkam s vlastným kostolom patrili Lazany (Kostol sv. Barbory) a Poruba (Kostol sv. Mikuláša). Tento stav trval do konca 18. storočia, pretože v roku 1788 vznikla nová farnosť Lazany, ku ktorej boli pričlenené ako filiálky Poruba i Kanianka. Počet obyvateľov Bojnickej farnosti v 1. polovici 18. storočia vizitácia udáva nasledovne: v celej farnosti žilo vtedy 1858 obyvateľov, z ktorých bolo 5 nekatolíkov a 16 konvertitov. Z údajov, ktoré uvedieme nižšie, sa dozvieme, že počet obyvateľov celej farnosti v priebehu nasledujúceho storočia vzrástol len v malej miere. Tento zdanlivo malý prírastok je však len relatívny, pretože v neskorších obdobiach už do počtu obyvateľov farnosti nie sú zahŕňaní obyvatelia odčlenenej farnosti Lazany a jej filiálok.
V 18. a 19. storočí boli prevádzané významné stavebné aktivity, ktoré sa týkali cirkevných stavebných objektov. V rokoch 1724 – 1746 bola prestavaná budova fary v barokovom slohu, vystavala sa vstupná brána na faru (1740, 1746), z pôvodnej renesančnej vstupnej brány na cintorín, pochádzajúcej zo 16. storočia, sa prestavala Kaplnka sv. Jána Nepomuckého (1731 – 1742), z pôvodnej pohrebnej Kaplnky sv. Žofie sa postavila Kaplnka sv. Michala archanjela v areáli cintorína obkolesujúceho farský kostol (1718), Kaplnka sv. Vendelína, ktorá je situovaná hlboko v horách (1774), bola postavená kaplnka v kúpeľoch (1797) a Kaplnka na Kalvárii zasvätená Bolestnej Panne Márii (1816).
Z konca 19. storočia územie Bojnickej farnosti sa vyvinulo tak, že k nemu isté položky pribudli. Materská fara Bojnice, v súlade s predchádzajúcim historickým vývojom, si zachovala pôsobnosť na filiálky Opatovce, Dubnicu, Kocurany, Horné a Dolné Šútovce, avšak počítali sa k jej územiu i Kúty – tam bol situovaný panský majer a mlyn, ďalej kúpele s kaplnkou a tamojší mlyn a lokalita Ukrniská, na ktorej bol postavený nový panský majer. Organizačne farnosť bola súčasťou vyššieho celku – Bojnického dištriktu, ktorý spadal pod územie Nitrianskeho ardchidiakonátu v rámci Banskobystrickej diecézy. Farský kostol okrem oltára veľkej hodnoty disponoval ešte viacerými vzácnymi predmetmi, ako boli napríklad kalichy. Veža kostola mala 4 zvony a jeden malý zvon sa nachádzal nad sanktuáriom. O obyvateľoch farnosti, o ktorých sme už vyššie podali krátku informáciu, spomenieme konkrétne ešte to, že v roku 1870 tu žilo 2132 katolíkov, 5 evanjelikov (v Bojniciach a Dubnici) a 54 židov (tí žili v malom počte vo všetkých sídlach farnosti okrem Kútov a Ukrnisiek). V nasledujúcich rokoch tento počet mierne kolísal, napríklad o šesť rokov neskôr bol celkový počet katolíkov vo farnosti o niečo nižší – 2097, ale zato evanjelikov pribudlo o dvoch (okrem Bojníc a Dubnice žili už aj v Opatovciach) a židov bolo 46, teda o 8 menej, ale jedinou lokalitou, kde sa nevyskytovali, boli už len Ukrniská.
Mnoho z cirkevných stavieb časom postupne chátralo, ale na začiatku 20. storočia sa o ich opätovné opravenie a zmodernizovanie zaslúžil najmä farár a prepošt Karol Anton Medvecký (1875 – 1937), ktorý okrem iného dal zaviesť aj elektrinu do farského kostola a farských budov. Krátky čas po skončení 1. svetovej vojny, v roku 1920, bola požehnaná ďalšia cirkevná stavba na území farnosti, a to kaplnka v Dolných Šútovciach. O rok neskôr kostol v Bojniciach získal od štátu skoro nový organ niekdajšieho kostola klarisiek v Bratislave, do ktorého bojnická cirkevná obec investovala viac ako 20 000 korún, a to na doplnenie zrekvirovaných píšťal, vyčistenie, rozobratie, transport a zloženie tohto hudobného nástroja. V roku 1986 bol do kostola nainštalovaný nový organ, pretože tento bol už rokmi zničený a jeho drevené píšťale boli napadnuté červotočou. Budova kostola a Kaplnka sv. Michala prešli generálnou rekonštrukciou v rokoch 1955 – 1959, ďalšie čiastkové stavebné a sanačné práce pokračovali aj v ďalších desaťročiach, ale stavebné práce významného a rozsiahlejšieho charakteru boli na kostole a jeho okolí vykonané nedávno, v rokoch 2003 – 2005, čo bolo spojené aj s podrobným archeologickým výskumom. V porovnaní s údajmi v kanonickej vizitácii z 18. storočia musíme konštatovať, že len v poslednom období, teda na rozhraní 20. a 21. storočia, pribudli do farnosti nové kostoly, čím jedinou dedinkou farnosti vo vtedajšom územnom poňatí, ktorá kostol nemala, sa stali Kocurany. V rokoch 1993 – 1998 pribudol Kostol sv. Michala archanjela v Opatovciach nad Nitrou, v rokoch 1998 – 2000 bol postavený Kostol Sedembolestnej Panny Márie v Dubnici a rok 2005 bol rokom realizácie stavby Kostola Dobrého pastiera v Šútovciach.
20. storočie bolo pre farnosť významné aj tým, že sa Bojnice stali sídlom dekanátu, ktorý sa odčlenil v roku 1999 z dekanátu Prievidza a pod ktorý spadá týchto 7 farností so svojimi filiálkami: Bojnice, Koš, Kanianka, Lazany, Nedožery-Brezany, Nitrianske Pravno, Tužina. Prvým dekanom sa stal miestny farár Mgr. František Havlík. Dekanát Bojnice je jedným zo 16 dekanátov, ktoré spolu patria do Banskobystrickej diecézy. Samotná farnosť Bojnice však bola umenšená o dve filiálky – Opatovce nad Nitrou a Kocurany, z ktorých Opatovce nad Nitrou sa stali v roku 2003 samostatnou farnosťou a Kocurany ich vlastnou filiálkou.
Pre úplnosť na záver uvedieme ešte zoznam správcov farnosti Bojnice, ktorého chronologické údaje sme získali z dostupných písomných prameňov.
zač. 15. stor. Peter, farár
1437 – Ladislav, farár
1464 – 1487 Michal Keberhard, farár
1488 – Peter Poleczy, farár (od roku 1485 rektor Bojnického oltárnictva)
1569 – Peter Szuchini, farár
pol. 16. stor. Ján zo Satmáru, evanjelický farár a prepošt
pol. 16. stor. Gašpar Kapislanus, evanjelický farár a prepošt
2.pol. 16. stor. Jur Zapkovius, evanjelický farár a prepošt
2.pol. 16. stor. Ján Nosko, evanjelický farár a prepošt
2.pol. 16. stor. Pavel Vzanda, evanjelický farár a prepošt
1580 Adam Fábry, evanjelický farár a prepošt
1580 – 1590 Melicher Šupka, evanjelický farár a prepošt
1580 – 1598 Pavel Vranka, evanjelický farár a prepošt
1607 – 1621 Izák Abrahamides Hrochotský, evanjelický farár a prepošt
1623 – 1625 Mikuláš Fidicinis, evanjelický farár a prepošt
1625 – 1630 Bazil Fábry, evanjelický farár a prepošt
1630 – 1640 Tobiáš Benedikty, evanjelický farár a prepošt
1640 – Tomáš Belanius, farár
pol. 17. stor. Ján Cherlay, farár
pol. 17. stor. Ján Gersitz, farár
pol. 17. stor. Mikuláš Hunfalvy, farár
1662 – Ján Alexej Turkovič, farár
1692 – František Žilka, farár
1721 – Ján Imrich Chilko, farár
pol. 18. stor. Ladislav Majténi, farár
1779 – Ladislav Várady, farár
1794 – 1806 Ignác Veisz, farár
1806 – 1825 Ján Nepomuk Vegyveres, farár
1825 – 1831 Michal Fekete, farár
1833 – 1874 Jozef Majténi, farár
1877 – 1880 František Holécy, farár
1880 – 1882 Štefan Bursák, farár
1883 – 1901 Jozef Tomáškovič, farár
1901 – 1920 Alojz Rudnay, farár
1920 – 1937 Karol Anton Medvecký, farár
1938 – 1961 Lukáš Petráš, farár
1961 – 1980 Ladislav Šrot, farár
1980 – 1990 Pavol Kollár, farár
1990 – 1992 Jozef Šmál, farár
1992 – 1994 Jozef Repko, farár
1994 – 1995 Juraj Dubec, farár
1995 – 1997 Ján Obžera, farár
1996 – 1997 Štefan Barilla, administrátor
1997 – 2008 František Havlík, farár, dekan
2008 – Anton Eliaš, farár, dekan
Popri farároch pôsobiacich vo farnosti boli pomocníkmi v duchovnom vedení farnosti aj ich kapláni, z ktorých uvádzame tých, ktorí tu pôsobili v poslednom období:
1997 – 1998 Peter Maťko, kaplán
1997 – 1999 Ľuboš Volko, kaplán
1999 – 2001 Andrzej Pierwola, kaplán
2001 – 2002 Ondrej Spišiak, kaplán
2002 – 2003 Marek Martinkovič, kaplán
2003 – 2005 Jozef Meško, kaplán
2004 – 2014 Gerhard Glazer – Opitz, kaplán
2005 – 2008 Štefan Fábry, kaplán
2014 – 2017 Peter Ondrík, kaplán
2017 – 2020 František Veverka, kaplán
2020 – 2023 Juraj Ondruš, kaplán
2023 – Matej Izrael, kaplán